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據(jù)2016年1月學校官網信息顯示，學校擁有國家級特色專業(yè)4個，教育部首批人才培養(yǎng)模式創(chuàng)新實驗區(qū)1個，黑龍江省人才培養(yǎng)模式創(chuàng)新試驗區(qū)1個；有國家精品課程8門、國家精品資源共享課程8門，省精品課程22門，校精品課程52門；國家級實驗教學示范中心1個。“十五”以來，獲國家教學成果一等獎1項、二等獎6項、省級教學成果獎50項；此外，該校還設有24個教學醫(yī)院和62個實習基地。
國家級特色專業(yè)：中醫(yī)學、中藥學、藥物制劑、針灸推拿學
國家精品課程：方劑學、中藥化學、金匱要略、中藥鑒定學、中國醫(yī)學史、中藥藥劑學、美容保健技術、中醫(yī)婦科學
省級精品課程：中醫(yī)婦科學、中國醫(yī)學史、方劑學、中藥化學、金匱要略、中藥藥劑學、中藥鑒定學、中醫(yī)基礎理論、神經定位診斷學、康復醫(yī)學、傷寒論、中藥藥理學、中醫(yī)內科學、美容保健技術、中藥學、中醫(yī)婦科學、針灸學、中醫(yī)各家學說、中醫(yī)內科學
國家級實驗教學示范中心：黑龍江中醫(yī)藥大學教學實驗中心
教育部首批人才培養(yǎng)模式創(chuàng)新實驗區(qū)：中藥類人才培養(yǎng)模式創(chuàng)新實驗區(qū)
黑龍江省人才培養(yǎng)模式創(chuàng)新試驗區(qū)：中醫(yī)臨床人才培養(yǎng)模式創(chuàng)新試驗區(qū)
學科建設
研究生教育
學校為國務院學位委員會批準的臨床醫(yī)學博士、碩士專業(yè)學位教育試點院校，學校的學位與研究生教育始于1979年。1984年起招收博士研究生，同年開展授予具有研究生畢業(yè)同等學力在職人員申請碩士學位工作；1995年開始招收外國來華留學研究生；1987年開展培養(yǎng)醫(yī)學博士（臨床醫(yī)學）研究生試點工作；1994年招收了全國第一位中醫(yī)學博士后，1996年設立中醫(yī)學博士后流動站，1998年被確定為臨床醫(yī)學專業(yè)學位教育試點單位，具有臨床醫(yī)學博士、碩士專業(yè)學位授予權；2000年經教育部批準開辦了本碩連讀七年制中醫(yī)學專業(yè)；2008年獲得推薦優(yōu)秀應屆本科畢業(yè)生免試攻讀碩士學位研究生資格，形成了博士、碩士、本碩連讀、在職申請學位以及博士后多種層次多種類型的中醫(yī)藥人才培養(yǎng)體系。學校培養(yǎng)的博士撰寫的論文分別于2008年和2012年獲得教育部、國務院學位委員會“全國優(yōu)秀博士學位論文”。 
學科概況
據(jù)2016年1月學校官網信息顯示，學校設有4個博士后科研流動站，4個一級學科均具有博士學位授予權，這4個學科覆蓋的28個二級學科均具有博士學位授予權；5個一級學科具有碩士學位授予權，具有碩士學位授予權的二級學科共有36個。形成了基礎與臨床、中醫(yī)與西醫(yī)、醫(yī)學與藥學有機結合的研究生教育體系。學校有國家重點學科4個、國家中醫(yī)藥管理局重點學科21個、省級重點學科11個、省領軍人才梯隊15個。 
國家重點學科：中藥學（一級學科）、方劑學、中醫(yī)婦學、中醫(yī)內科學（培育） 
國家中醫(yī)藥管理局重點學科：中醫(yī)基礎理論學科、金匱要略學科、中醫(yī)史學學科、方劑學學科、中醫(yī)心病學學科、中醫(yī)血液病學學科、中醫(yī)老年病學學科、中醫(yī)內分泌病學學科、中醫(yī)婦科學學科、中醫(yī)皮膚病學學科、中醫(yī)眼科學學科、中西醫(yī)結合臨床學科、中醫(yī)康復學學科、針灸學學科、推拿學學科、中藥鑒定學學科、中醫(yī)康復學學科、臨床中藥學學科、中藥炮制學科學、中醫(yī)預防醫(yī)學學科（培育）、中醫(yī)藥工程學學科（培育）
黑龍江省重點學科：中藥創(chuàng)新藥物學科群、中藥學一級學科、中醫(yī)學一級學科、中西醫(yī)結合一級學科、藥學一級學科、中醫(yī)內科學學科、中醫(yī)骨傷科學學科、中醫(yī)婦科學學科、針灸推拿學學科、中醫(yī)外科學學科、康復醫(yī)學與理療學學科 
省級領軍人才梯隊（省級重點學科帶頭人梯隊）：中醫(yī)基礎理論、中醫(yī)臨床基礎、中醫(yī)醫(yī)史文獻、方劑學、中醫(yī)內科學、中醫(yī)骨傷科學、中醫(yī)婦科學、針灸推拿學、中西醫(yī)結合基礎、中西醫(yī)結合臨床、藥劑學、生藥學、中藥學、中醫(yī)脾胃病學、中醫(yī)康復學 
博士后科研流動站：中醫(yī)學、中藥學、中西醫(yī)結合、藥學 
一級學科博士學位授予權：中醫(yī)學、中藥學、中西醫(yī)結合和藥學
一級學科碩士學位授予權：中醫(yī)學、中藥學、中西醫(yī)結合、藥學和護理學