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截至2014年4月，該校擁有2個博士學位授權(quán)一級學科點，共26個博士學位授權(quán)學科點，擁有臨床醫(yī)學博士專業(yè)學位授予權(quán)，有10個碩士學位授權(quán)一級學科點，74個碩士學位授權(quán)學科點。建立了3個博士后科研流動站。
皮膚病與性病學為國家重點學科，中藥藥理學、中醫(yī)腫瘤病學為國家中醫(yī)藥重點學科，有12個國家臨床重點?？?，19個省級重點學科，42個省級臨床醫(yī)學重點學科和重點扶持學科 。在ESI（基本科學指標數(shù)據(jù)庫）中，該校臨床醫(yī)學學科排名全球前1%  。
博士后科研流動站（3個）
藥學、臨床醫(yī)學、公共衛(wèi)生與預防醫(yī)學

博士學位授權(quán)一級學科點（2個）
臨床醫(yī)學、藥學
博士學位授權(quán)學科點（26個）
免疫學、內(nèi)科學、兒科學、老年醫(yī)學、神經(jīng)病學、精神病與精神衛(wèi)生學、皮膚病與性病學、影像醫(yī)學與核醫(yī)學、臨床檢驗診斷學、外科學、婦產(chǎn)科學、眼科學、耳鼻咽喉科學、腫瘤學、康復醫(yī)學與理療學、運動醫(yī)學、麻醉學、急診醫(yī)學、流行病與衛(wèi)生統(tǒng)計學、兒少衛(wèi)生與婦幼保健學、藥物化學、藥劑學、生藥學、藥物分析學、微生物與生化藥學、藥理學
碩士學位授權(quán)一級學科點（10個）
心理學、生物學、生物醫(yī)學工程、基礎醫(yī)學、臨床醫(yī)學、口腔醫(yī)學、公共衛(wèi)生與預防醫(yī)學、藥學、中藥學、護理學
專業(yè)學位點（6個）
臨床醫(yī)學博士專業(yè)學位、臨床醫(yī)學碩士專業(yè)學位、口腔醫(yī)學碩士專業(yè)學位、公共衛(wèi)生碩士專業(yè)學位、藥學碩士專業(yè)學位、中藥學碩士專業(yè)學位
省級重點學科（19個）
藥理學、病原生物學、免疫學、病理學與病理生理學、兒少衛(wèi)生與婦幼保健學、口腔臨床醫(yī)學、社會醫(yī)學與衛(wèi)生事業(yè)管理、中藥學、老年醫(yī)學、內(nèi)科學（消化系病、傳染病、血液病）、神經(jīng)病學、外科學（泌尿外、骨外、普外）、婦產(chǎn)科學等
國家臨床重點?？疲?2個）
呼吸內(nèi)科、神經(jīng)內(nèi)科、泌尿外科、皮膚科、急診科、麻醉科、病理科等
教學建設
質(zhì)量工程
截至2014年4月，該校設有臨床醫(yī)學（七年制）、臨床醫(yī)學（五年制）、口腔醫(yī)學、預防醫(yī)學、生物技術(shù)、護理學、公共事業(yè)管理、藥學、中藥學、醫(yī)事法學、食品質(zhì)量與安全、臨床藥學、生物醫(yī)學工程等24個本科專業(yè)。躋身國家“中西部高?；A能力提升工程”，是國家級大學生創(chuàng)新創(chuàng)業(yè)訓練計劃承擔高校。
《流行病學》、《臨床藥理學》是國家級精品課程，預防醫(yī)學、藥學、臨床醫(yī)學、公共事業(yè)管理專業(yè)是國家級高等學校特色專業(yè)建設點，臨床藥理學教學團隊為國家級教學團隊，公共衛(wèi)生與預防醫(yī)學實驗教學中心獲批國家級實驗教學示范中心。啟動卓越醫(yī)生教育培養(yǎng)計劃，3個項目躋身國家級試點。1門課程入選教育部來華留學英語授課品牌課程。獲得國家級教學成果二等獎一項  。
國家級“卓越醫(yī)生”教育培養(yǎng)計劃試點項目：面向農(nóng)村基層的全科醫(yī)生人才培養(yǎng)模式改革試點、臨床醫(yī)學碩士專業(yè)學位研究生培養(yǎng)模式改革試點、五年制臨床醫(yī)學人才培養(yǎng)模式改革試點
國家級專業(yè)綜合改革試點：藥學、臨床醫(yī)學
省級特色專業(yè)：生物技術(shù)、口腔醫(yī)學、護理學、臨床醫(yī)學（康復醫(yī)學）、衛(wèi)生檢驗與檢疫、公共事業(yè)管理、麻醉學等
省級專業(yè)綜合改革試點：口腔醫(yī)學等
省級教學團隊：醫(yī)學免疫學教學團隊、衛(wèi)生事業(yè)管理教學團隊、《思維與溝通》教學團隊、麻醉學教學團隊、藥理學教學團隊、婦產(chǎn)科學教學團隊等
省級實驗教學示范中心：基礎核醫(yī)學與輻射防護實驗中心、病原與免疫學實驗中心、細胞生物學實驗中心、形態(tài)學實驗中心、理化中心、機能學實驗中心等
省級精品課程：實驗室生物安全、外科學、醫(yī)學形態(tài)學實驗課程、內(nèi)科學、分子生物學（研究生）、藥事管理學、兒科學、兒童少年衛(wèi)生學、細胞生物學、衛(wèi)生管理運籌學、生理學、婦產(chǎn)科學、思維與溝通、兒科學、組織學與胚胎學、病理學、生物藥劑學與藥物動力學、全科醫(yī)學概論、細胞生物學、生理學、病理生理學、生物化學、臨床流行病學等
安徽省人才培養(yǎng)模式創(chuàng)新實驗區(qū)：醫(yī)藥復合型人才培養(yǎng)模式創(chuàng)新實驗區(qū)、衛(wèi)生事業(yè)管理專業(yè)應用型人才培養(yǎng)模式創(chuàng)新實驗區(qū)