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截至2017年底，學校擁有博士后工作站1個，博士學位授權一級學科點2個，擁有碩士學位授權一級學科點6個，碩士學位授權二級學科點34個，省級示范性碩士點2個，專業(yè)學位碩士授予點2個；國家中醫(yī)藥管理局重點學科18個、江西省一級學科高水平學科與“十二五”重點學科5個。
博士后工作站：江中國家工程研究中心博士后工作站
博士學位授權一級學科點：中醫(yī)學、中藥學
碩士學位授權一級學科點：中醫(yī)學、中藥學、中西醫(yī)結合、藥學、公共管理、計算機科學與技術
省級示范性碩士點：中醫(yī)學、中藥學
專業(yè)學位碩士授予點：臨床醫(yī)學、中藥學
江西省一流學科：中藥學、中醫(yī)學
江西省高校高水平學科：中醫(yī)學、中藥學 
江西省重點學科：藥學、中西醫(yī)結合、公共管理
教學建設
截至2015年底，學校擁有國家級人才培養(yǎng)模式創(chuàng)新實驗區(qū)1個，國家級高等學校實驗教學示范中心1個，國家級虛擬仿真實驗教學中心1個，國家級大學生校外實踐教育基地1個，國家級本科專業(yè)綜合改革試點1個，教育部高等學校特色專業(yè)建設點3個，國家級精品課程2門，國家雙語示范課程1門，兩項教學改革研究項目分別于2001年、2009年獲得教育部國家教學成果二等獎。2014年，學校劉紅寧教授牽頭主持的“新時期高等中醫(yī)藥院校‘基礎素質(zhì)’教育理論創(chuàng)新與‘雙惟模式’實踐”獲得國家級教學成果一等獎，率先在江西省高等院校中實現(xiàn)該獎項零的突破。 
國家級人才培養(yǎng)模式創(chuàng)新實驗區(qū)：“產(chǎn)學研結合培養(yǎng)高素質(zhì)復合型中藥人才模式創(chuàng)新研究與實踐”人才培養(yǎng)模式創(chuàng)新實驗區(qū)
國家級高等學校實驗教學示范中心：中藥學類實驗教學中心
國家級虛擬仿真實驗教學中心：中藥產(chǎn)業(yè)鏈關鍵環(huán)節(jié)虛擬仿真實驗教學中心
國家級大學生校外實踐教育基地：江西中醫(yī)藥大學—九江市中醫(yī)醫(yī)院臨床技能綜合培訓中心 
國家級本科專業(yè)綜合改革試點：藥學
教育部高等學校特色專業(yè)建設點：中藥學、藥學、針灸推拿學 
國家精品課程：中藥炮制學、中醫(yī)診斷學
國家雙語示范課程：中醫(yī)診斷學示范課程