上海交通大學生命科學技術學院導師：劉琪 正文

　　導師姓名 劉琪 導師性別 女
　　職務職稱 副教授.
　　所在院系 生命科學技術學院
　　所屬學科 生物學
　　研究方向 復雜疾病的系統(tǒng)生物學研究 多組學數據的綜合分析方法研究
　　聯系電話 021-34204348
　　電子郵箱 liuqi@sjtu.edu.cn

　　個人簡介
　　一直致力于生物信息學各個領域的研究，在跨膜蛋白的拓撲預測、基因芯片的數據分析、蛋白質相互作用的預測、基因調控網絡的重構等方面取得了一系列突破性的成果。在Science（29.747）, Cell Research（8.151）, Genome Biology（6.626）, PLOS Computational Biology（5.759）, Bioinformatics（4.926）, BMC Bioinformatics（3.428）, BBRC（2.548）, Computational Biology and Chemistry（1.37），Pattern Recognition Letters（1.303）,Chinese Science Bulletin(0.917), Chinese Journal of Chemistry（0.891）等國內外核心刊物上發(fā)表論文二十余篇，累計影響因子超過70點。近五年來，主要致力于組學數據的綜合分析，蛋白質相互作用的預測和轉錄調控網絡的構建等研究。改　　進了蛋白質相互作用預測的方法并用于預測鉤端螺旋體賴株蛋白質相互作用網絡，成果發(fā)表在Bioinformatics和Chinese Science Bulletin上。參與分析了所有生物的七次跨膜蛋白，發(fā)現物種的大規(guī)?；驈椭频氖录l(fā)生具有非常明顯的周期性，而這些周期性與地質紀年上的大規(guī)模氧氣爆發(fā)事件完全耦合在一起,相關成果發(fā)表在PLOS Computational Biology上。發(fā)展了綜合ChIP-chip數據，表達譜數據和轉錄因子敲除數據來構建調控網絡的方法，相關成果發(fā)表在Genome Biology, BBRC, 生物化學與生物物理進展，Chinese Journal of Chemistry上。2009年指導大四本科生開展轉錄因子協同關系的研究，發(fā)展了一種準確性更高的協同作用轉錄因子識別方法，成果發(fā)表在Cell Research上。2009至2010年與Merck合作開展研究，申請者將蛋白質修飾數據和轉錄組數據相結合，發(fā)現那些造成基因表達譜變化的關鍵轉錄因子，相關成果發(fā)表在BMC Bioinformatics上。目前承擔了兩項國家自然科學基金項目（編號：30700154，31070746），并作為生物信息學方面的負責人參與重大研究計劃（編號：2009CB918404）和國家高技術研究發(fā)展計劃（編號：2007AA02Z329）

 

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